Фасетные индексы необходимо обновить вручную в следующих случаях:

• Вы добавили новые или отредактировали существующие разделы каталога.
• При добавлении нового или удалении существующего свойства из умного фильтра.
• При выгрузке товаров, например, из 1С, если товары создают новые свойства.

Обновляем фасетный индекс сразу для всего каталога товаров:

$index = \Bitrix\Iblock\PropertyIndex\Manager::createIndexer($IBLOCK_ID);
$index->startIndex();
$index->continueIndex(0);  // Создание без ограничения по времени
$index->endIndex();

Для отдельного элемента:

\Bitrix\Iblock\PropertyIndex\Manager::updateElementIndex($IBLOCK_ID, $ELEMENT_ID);