Иногда вывод элемента, раздела, инфоблока осуществляет не стандартный компонент. Чтобы получить их SEO значения, используйте код:

$ipropValues = new \Bitrix\Iblock\InheritedProperty\IblockValues($IBLOCK_ID);
$ipropValues = new \Bitrix\Iblock\InheritedProperty\SectionValues($IBLOCK_ID, $SECTION_ID);
$ipropValues = new \Bitrix\Iblock\InheritedProperty\ElementValues($IBLOCK_ID, $ELEMENT_ID);
$iproperty = $ipropValues->getValues();

Вывести на странице полученные свойства, например, раздела:

if ($iproperty['SECTION_PAGE_TITLE']) {
    $APPLICATION->SetTitle($iproperty['SECTION_PAGE_TITLE']);
} else {
    $APPLICATION->SetTitle($section['NAME']);
}
if ($iproperty['SECTION_META_TITLE']) {
    $APPLICATION->SetPageProperty('title', $iproperty['SECTION_META_TITLE']);
}
if ($iproperty['SECTION_META_KEYWORDS']) {
    $APPLICATION->SetPageProperty('keywords', $iproperty['SECTION_META_KEYWORDS']);
}
if ($iproperty['SECTION_META_DESCRIPTION']) {
    $APPLICATION->SetPageProperty('description', $iproperty['SECTION_META_DESCRIPTION']);
}

Очистить SEO значения инфоблока, раздела или элемента:

$ipropValues->clearValues();